Die Hybridisierung zwischen Stiel-, Trauben- und Flaumeiche ist ein seit langem beobachtetes Phänomen. Eine Vielzahl von Kreuzungsexperimenten ebenso wie genetische Untersuchungen bestätigen, dass der Genaustausch zwischen den drei Eicharten möglich ist. Nur die Zerreiche, welche innerhalb der Untergattung Quercus zu einer anderen taxonomischen Einheit gehört (Sektion Cerris), hybridisiert nicht mit den drei anderen Arten. Der Hybridisierung sind in der Natur Grenzen gesetzt, da ein unterschiedlicher Blühzeitpunkt oder auch Pollenunverträglichkeit dafür sorgen, dass die Anzahl Kreuzungserfolge gering bleibt. Entsprechend geht die Wissenschaft heute bei der Hybridisierung zwischen Eichenarten von einem relativ seltenen, aber dennoch bedeutsamen Phänomen aus. So selten, dass die Artgrenzen erhalten bleiben und doch so häufig, dass über Kreuzung und Rückkreuzung ein genetisches Ineinandergreifen der Arten zu beobachten ist. Damit verbunden ist also auch die Möglichkeit der artübergreifenden Verbreitung von arttypischen Eigenschaften. Gerade bei drastischen Umweltänderung wird die Hybridisierung bei der Eiche daher als Stärke des „Gesamtsystems“ verstanden. In der Schweiz führt vor allem die enge Verzahnung von Flaum- und Traubeneichenstandorten zu hybriden Übergangsformen zwischen diesen zwei Eichenarten. Beide bilden südlich (Tessin, Wallis) und nördlich der Alpen (südliche Juraketten, Aargauer Jura, St. Galler und Churer Rheintal) ausgedehnte Hybridschwärme, welche sich deutlich von benachbarten europäischen und insbesondere mediterranen Herkünften unterscheiden.

Genfluss bezeichnet den Austausch genetischen Materials zwischen zwei Populationen einer Art bzw. innerhalb einer Population. Er erfolgt durch den Transport oder die Verbreitung von Pollen und Samen (Eicheln). Untersuchungen zeigen, dass der Genaustausch auch zwischen weit voneinander entfernten Populationen möglich ist, was vor allem mit Pollenflug erklärt wird. Im Extremfall wurden schon Distanzen bis zu 80 km gemessen. Es konnte zudem festgestellt werden, dass oft mehr als die Hälfte des Pollens von ausserhalb des eigentlichen Bestandes stammt. Dieser grossräumige Gentransfer erlaubt stressbelasteten Populationen, neue, vorteilhaftere Gene aus anderen Umweltsituationen zu „importieren“. Die unterschiedlichen Klimazonen (ozeanisch bis kontinental), Höhenlagen (von Meereshöhe bis auf 1800 m.ü.M.) und Standorte (feucht bis trocken) welche die Eichen besiedeln, stellen also wertvolle Quellgebiete genetischer Variation dar.

Auch der Samen. bzw. Eicheltransport spielt bei der Verbreitung der Eiche (bzw. ihrer Gene) eine bedeutende Rolle. Für die weitflächige Verbreitung sorgen hauptsächlich Vögel. So legt etwa der Eichelhäher seine Wintervorräte in der Nähe seines 5 bis 10 ha grossen Reviers an; meistens etwa 1 bis 6 km weg vom Eichen-Mutterbestand. Da ein Teil dieser Wintervorräte ungenutzt bleibt, leistet er einen wichtigen Beitrag zur Verbreitung der Eiche.