L'identification des espèces de nos chênes indigènes n'est pas toujours facile. Le chêne pédonculé, le chêne sessile et le chêne pubescent (Quercus robur, Q. petraea et Q. pubescens) sont étroitement apparentés et se ressemblent par de nombreuses caractéristiques morphologiques, physiologiques et écologiques. Pour ces trois chênes, il n'existe aucune caractéristique (ni morphologique, ni génétique) qui, à elle seule, serait susceptible de toujours permettre un diagnostic fiable de l'espèce. En règle générale, il est toutefois possible de distinguer le chêne pédonculé du chêne sessile sur la base de la morphologie des feuilles, des différences de pilosité de la face inférieure des feuilles et de la longueur des pétioles des feuilles et des fruits. La pilosité des feuilles et des pousses est typique du chêne pubescent. Enfin, le chêne chevelu (Quercus cerris) n'est apparenté à aucune des trois autres espèces et peut être distingué avec certitude de celles-ci grâce à plusieurs caractéristiques.

Pour le praticien, la gestion des chênes est impérativement liée à l'identification correcte des espèces de chênes et à la détermination correcte de la station. Ce sont les conditions pour que la "bonne espèce de chêne soit placée sur le bonne station". La fiche technique publiée par proQuercus contient une clé de détermination permettant d'identifier avec certitude les espèces de chênes indigènes.